cat peptides.txt | while read line
do
   # do something with $line here
done

选项1a： while循环：一次一行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

选项1b： while循环：一次一行：
打开文件，从文件描述符中读取（在本例中为文件描述符＃4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

选项2： For循环：将文件读入单个变量并解析。
此语法将根据标记之间的任何空白区域解析“行”。这仍然有效，因为给定的输入文件行是单字标记。如果每行有多个令牌，则此方法不起作用。此外，将整个文件读入单个变量对于大文件来说不是一个好策略。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
filelines=`cat $filename`
echo Start
for line in $filelines ; do
    echo $line
done

这并不比其他答案好，但是在没有空格的文件中完成工作的另一种方法（参见注释）。我发现我经常需要单行来挖掘文本文件中的列表，而无需使用单独的脚本文件。

for word in $(cat peptides.txt); do echo $word; done

这种格式允许我将它全部放在一个命令行中。将“echo $ word”部分更改为您想要的任何内容，您可以发出由分号分隔的多个命令。以下示例将文件的内容用作您可能编写的其他两个脚本的参数。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done

或者，如果您打算像流编辑器一样使用它（学习sed），您可以将输出转储到另一个文件，如下所示。

for word in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $word; cmd_b.py $word; done > outfile.txt

我已经使用了上面这些，因为我使用了文本文件，我用它创建了每行一个单词。 （请参阅注释）如果你有空格，你不想拆分你的单词/行，它会有点丑陋，但相同的命令仍然如下工作：

OLDIFS=$IFS; IFS=$'\n'; for line in $(cat peptides.txt); do cmd_a.sh $line; cmd_b.py $line; done > outfile.txt; IFS=$OLDIFS

这只是告诉shell只分裂换行符，而不是空格，然后将环境返回到之前的状态。此时，您可能需要考虑将所有内容放入shell脚本中，而不是将其全部压缩到一行中。

祝你好运！

使用while循环，如下所示：

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

笔记：

1. 如果你没有设置 IFS 没错，你会失去缩进。

2. 您应该几乎总是将-r选项与read一起使用。

3. 不要读行 for

还有一些其他答案没有涉及的事情：

从分隔文件中读取

# ':' is the delimiter here, and there are three fields on each line in the file
# IFS set below is restricted to the context of `read`, it doesn't affect any other code
while IFS=: read -r field1 field2 field3; do
  # process the fields
  # if the line has less than three fields, the missing fields will be set to an empty string
  # if the line has more than three fields, `field3` will get all the values, including the third field plus the delimiter(s)
done < input.txt

使用进程替换从另一个命令的输出中读取

while read -r line; do
  # process the line
done < <(command ...)

这种方法比 command ... | while read -r line; do ... 因为while循环在当前shell中运行而不是在后者的情况下运行子shell。查看相关文章 在while循环内修改的变量不会被记住。

例如，从空分隔输入读取 find ... -print0

while read -r -d '' line; do
  # logic
  # use a second 'read ... <<< "$line"' if we need to tokenize the line
done < <(find /path/to/dir -print0)

相关阅读： BashFAQ / 020 - 如何找到并安全地处理包含换行符，空格或两者的文件名？

一次从多个文件中读取

while read -u 3 -r line1 && read -u 4 -r line2; do
  # process the lines
  # note that the loop will end when we reach EOF on either of the files, because of the `&&`
done 3< input1.txt 4< input2.txt

基于 @ chepner的 回答 这里：

-u 是一个bash扩展。对于POSIX兼容性，每个调用看起来都像 read -r X <&3。

将整个文件读入数组（Bash版本早于4）

while read -r line; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

如果文件以不完整的行结束（结尾处缺少换行符），则：

while read -r line || [[ $line ]]; do
    my_array+=("$line")
done < my_file

将整个文件读入数组（Bash版本4x及更高版本）

readarray -t my_array < my_file

要么

mapfile -t my_array < my_file

接着

for line in "${my_array[@]}"; do
  # process the lines
done

• 关于shell内置的更多信息 read 和 readarray 命令 - GNU

• 更多关于 IFS  - 维基百科

• BashFAQ / 001 - 如何逐行（和/或逐字段）读取文件（数据流，变量）？

相关文章：

• 在Bash中从文本文件创建数组

如果您不希望读取被换行符破坏，请使用 -

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

然后以文件名作为参数运行脚本。

假设你有这个文件：

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

有四个元素会改变许多Bash解决方案读取的文件输出的含义：

1. 空白行4;
2. 两条线上的前导或尾随空格;
3. 保持各条线的含义（即每条线都是记录）;
4. 第6行没有以CR结尾。

如果希望逐行包含文本文件（包括空行和没有CR的终止行），则必须使用while循环，并且必须对最后一行进行备用测试。

以下是可能更改文件的方法（与之相比） cat 回报）：

1）丢失最后一行以及前导和尾随空格：

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

（如果你这样做 while IFS= read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt 相反，你保留前导和尾随空格，但如果它没有以CR终止，仍然会丢失最后一行

2）使用过程替换 cat 将一口气读取整个文件并失去各行的含义：

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

（如果你删除了 " 从 $(cat /tmp/test.txt) 你逐字逐句阅读文件，而不是一口气。也可能不是意图...）

逐行读取文件并保留所有间距的最强大和最简单的方法是：

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

如果您想剥离领先和交易空间，请删除 IFS= 部分：

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

（没有终止的文本文件 \n虽然相当常见，但在POSIX下被认为是破碎的。如果你可以依靠尾随 \n 你不需要 || [[ -n $line ]] 在里面 while 循环。）

更多的是 BASH FAQ

#!/bin/bash
#
# Change the file name from "test" to desired input file 
# (The comments in bash are prefixed with #'s)
for x in $(cat test.txt)
do
    echo $x
done

这是我的真实例子如何循环另一个程序输出的行，检查子串，从变量中删除双引号，在循环外使用该变量。我想很多人迟早会问这些问题。

##Parse FPS from first video stream, drop quotes from fps variable
## streams.stream.0.codec_type="video"
## streams.stream.0.r_frame_rate="24000/1001"
## streams.stream.0.avg_frame_rate="24000/1001"
FPS=unknown
while read -r line; do
  if [[ $FPS == "unknown" ]] && [[ $line == *".codec_type=\"video\""* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=parse
  fi
  if [[ $FPS == "parse" ]] && [[ $line == *".r_frame_rate="* ]]; then
    echo ParseFPS $line
    FPS=${line##*=}
    FPS="${FPS%\"}"
    FPS="${FPS#\"}"
  fi
done <<< "$(ffprobe -v quiet -print_format flat -show_format -show_streams -i "$input")"
if [ "$FPS" == "unknown" ] || [ "$FPS" == "parse" ]; then 
  echo ParseFPS Unknown frame rate
fi
echo Found $FPS

在循环之外声明变量，设置值并在循环之外使用它 完成<<<“$（...）” 句法。应用程序需要在当前控制台的上下文中运行。命令周围的引号保持输出流的换行符。

然后读取子串的循环匹配 名称=值 对，分裂最后的右侧部分 = 字符，丢弃第一个报价，删除最后一个报价，我们有一个干净的值，以便在别处使用。